Método para determinar a seqüência específica de proteínas de ligação a DNA. As pegadas de DNA utilizam um agente que danifica a DNA (ou um reagente químico ou uma nuclease), que cliva o DNA a cada par de base. A clivagem de DNA é inibida onde o ligante se liga a DNA. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genetics: Classical and Molecular, 5th ed)